3 questions à Thibault Stalder

Parole à Thibault Stalder, Microbiologiste (Chaire Junior Inserm) à l’UMR 1092 RESINFIT.

Quel est votre parcours et sur quelle(s) thématique(s) de recherche se portent aujourd’hui vos travaux ?

Je suis microbiologiste avec un attrait marqué pour l’écologie et l’évolution microbienne, un intérêt qui a émergé lors de mon Master en microbiologie de l’environnement à l’Université de Pau et des Pays de l’Adour. Je me suis ensuite orienté vers la résistance aux antibiotiques lors de mon doctorat à l’Université de Limoges, au sein de l’équipe GRESE (renommée depuis E2Lim) en collaboration avec l’EA1092 (désormais Unité Inserm 1092 RESINFIT). J’ai mené ces recherches dans le cadre d’un programme européen (PILLS) et français (ANR DEFI-Viandes) afin de mieux comprendre comment certaines activités humaines, comme celles des hôpitaux, favorisent la dissémination de l’antibiorésistance dans l’environnement.

J’ai ensuite élargi mon champ de recherche durant mon postdoctorat en intégrant l’équipe d’Eva Top à l’Université de l’Idaho aux États-Unis, où je me suis concentré sur la dissémination de la résistance aux antibiotiques via les plasmides. J’y ai notamment intégré des approches d’évolution expérimentale pour mieux comprendre les mécanismes permettant aux bactéries d’acquérir et de conserver des plasmides de multirésistance. Je me suis ensuite établi là-bas en tant que Research Scientist, menant des recherches sur l’écologie et la dissémination des plasmides de résistance. Durant cette période, j’ai également mis en place un programme de recherche visant à surveiller la présence et dynamique du SARS-CoV-2 dans les eaux usées afin d’anticiper l’évolution d’épidémies de Covid-19 en milieu rural.

Aujourd’hui, mes travaux s’articulent autour de la compréhension des mécanismes moteurs de l’émergence et de la propagation de la résistance aux antibiotiques par transfert horizontal de gènes, notamment aux interfaces entre les habitats environnementaux, animaux et humains. Pour cela, je bénéficie d’une chaire Junior Inserm financée par le plan prioritaire de recherche (PPR) antibiorésistance, dans le cadre du programme d’investissement d’avenir France relance 2030. Ce financement me permet de développer mes recherches au sein de l’Unité de recherche Inserm U1092 RESINFIT de l’Université de Limoges.

Dans quel(s) projet(s) êtes-vous actuellement impliqué au sein de l’UMR 1092 RESINFIT et quelles sont vos missions ?

J’assure la gestion de ma chaire, intitulée AMR-Hub (Determining the hubs of the antimicrobial resistance transmission network across One Health ecosystems). Ce projet vise à démêler les mécanismes responsables du transfert des plasmides de résistance entre les habitats environnementaux, animaux et humains. Pour mener à bien ce projet, je dirige une équipe composée de Margaux Gaschet (Assistante Ingénieure), Marina Andreu Pazos (Doctorante) et Yu-Chen Chiu (Stagiaire Master international), avec le soutien du Dr. Élodie Couvé-Deacon (MCU-PH), du Pr. Marie-Cécile Ploy (PU-PH) et du Pr. Christophe Dagot (PR).

J’interviens également dans divers projets du laboratoire intégrant une perspective environnementale sur l’antibiorésistance. Ces travaux visent à évaluer et mieux comprendre l’émergence et les sources de l’antibiorésistance dans l’environnement, que ce soit dans le cadre de recherches fondamentales ou d’actions One Health à l’échelle régionale, nationale et européenne.

Comment avez-vous eu l’opportunité de rejoindre AMR-Env et en quoi ce réseau doit perdurer selon vous ?

Étant membre de l’unité impliquée dans la coordination d’AMR-Env, j’ai naturellement intégré le réseau. Celui-ci m’a permis d’identifier et de rencontrer rapidement les différents acteurs français de la recherche sur l’antibiorésistance, facilitant ainsi l’établissement de collaborations.

De tels réseaux sont des atouts majeurs pour faire avancer la recherche et la surveillance de l’antibiorésistance. À l’avenir, je vois AMR-Env comme un réseau permettant non seulement d’échanger des connaissances fondamentales et appliquées entre les divers acteurs dédiés à l’antibiorésistance dans l’environnement, mais aussi de déployer des actions communes et standardisées afin d’améliorer la surveillance environnementale de l’antibiorésistance en France. Par exemple, l’un des objectifs futurs d’AMR-Hub serait de tirer avantage de ce réseau pour tester des indicateurs de transmission de l’antibiorésistance entre habitats.

Propos recueillis par l’équipe de coordination du méta-réseau PROMISE en février 2025.
Un grand merci à Thibault Stalder pour sa participation.