Membres

INRIA : Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique

Savoir-faires et expertises :

• Gestion et intégration des données (entrepôts).
• Analyse des données opérationnelles (outils existants).
• Expérience d’analyse sur des données variées, proposition exploratoire de nouvelles méthodes (associations fréquentes, séries temporelles, clustering, etc.)

Site internet : https://www.inria.fr/fr

Personnes associées : Florent Masseglia, Reza Akbarinia

RéPias SPARES : Surveillance et Prévention de l’AntibioRésistance en Etablissement de Santé

Savoir-faires et expertises :

• Application web de recueil de données, réflexion sur les interfaces avec logiciel métier
• Animation d’un réseau national de professionnels dans les établissements de santé
• Évaluation de pratiques par audits et enquêtes
• Communication des données et aide à l’utilisation des données localement pour l’action

Données et ressources disponibles :

• Données de résistance bactérienne : % de résistance au sein de l’espèce, incidence pour 1000 journées d’hospitalisation (JH)
• Consommation d’antibiotiques en nombre de Doses Définies Journalières / 1000 JH
• Confrontation des données de consommation et de résistance
• Présentation : données concernant les pratiques, organisation, facteurs associés

Site internet : http://www.cpias-grand-est.fr/index.php/secteur-sanitaire/missions-nationales/spares/

Personnes associées : Loic Simon, Catherine Dumartin, Christian Martin

RéPias PRIMO : Surveillance et PRévention de la résistance aux antibiotiques et de Infections associées aux soins en soins de ville et secteur MédicOsocial

Savoir-faires et expertises :

• Expertise sur la résistance aux antibiotiques en ville et médico-sociale
• Gestion de base de données (via SAS) :
• Bases de données d’antibiogrammes réalisés sur les bactéries isolées de prélèvements cliniques chez l’homme en laboratoire de ville
• Actions de prévention

Données et ressources disponibles :

• Données de résistance aux antibiotiques dans 13 régions métropolitaines + Antilles
• Production de rapports annuels et semestriels (national et régionaux)
• Documents d’information sur la résistance aux antibiotiques pour les prescripteurs (CRATB)
• Webinaires à destination des biologistes, des prescripteurs, etc.

Site internet : https://antibioresistance.fr/

Personnes associées : Gabriel Birgand, Olivier Lemenand

RéPias SPIADI : Surveillance et Prévention des Infections Associées aux Dispositifs Invasifs

Site internet : https://www.spiadi.fr/home

ONERBA : Observatoire National de l’Epidémiologie de la Résistance Bactérienne aux Antibiotiques

Site internet : http://onerba.org/

Personne associée : Simon Lehello

ORP : Observatoires Régionaux du Pneumocoque

Savoir-faires et expertises :

• Organisation et animation d’un réseau depuis plus de 20 ans
• Données de résistance du pneumocoque

Données et ressources disponibles :

• Résistance aux antibiotiques du pneumocoque depuis 1977 (données tous les deux ans) : 3 à 6 000 souches par an
• Surveillance des sérotypes en lien avec le CNR pneumocoque
• Données cliniques et étude des facteurs de risque d’infection invasive (75% d’origine pulmonaire) : collaboration ORP, CNRP, SPF, SPILF et lien avec étude COMBAT méningites (Xavier Duval)

Site internet : http://www.orp-france.fr/

Personnes associées : Marie Kempf, Marie-Cécile Ploy

ONE HEALTH – OI : Dispositif de recherche et d’enseignement en partenariat ONE HEALTH IO (Surveillance Antibiotiques et résistance du réseau Océan Indien)

Savoir-faires et expertises :

• CIRAD : Surveillance de l’usage des antibiotiques et de la résistance aux antibiotiques à l’interface entre homme, animal et environnement; enquêtes analytiques; enquêtes KAP et sensibilisation des acteurs
• CHU Réunion : plateau technique ; analyse
• Capacité d’études à travers un…
• Réseau régional des laboratoires (Villes / Établissement de soins) en santé humaine Réunion / Mayotte
• Réseau régional Vétérinaire / agriculture / environnement Réunion / Mayotte
• Réseau Océan Indien (réseau SEGA (opérationnel – COI) et DP One Health OI (recherche – CIRAD)) ouvrant à des collaborations régionales (Comores/Madagascar/Seychelles/Maurice)

Données et ressources disponibles :

• Usage des antibiotiques en élevages domestiques et animaux de compagnie
• Évaluation de la résistance dans les élevages domestiques et animaux de compagnie
• Surveillance communautaire E Coli ECBU OI pour suivi EBLSE et projets EPC
• Outils et actions de formations

Site internet : https://www.onehealth-oi.org/

Personnes associées : Eric Cardinale, Olivier Belmonte

CNR Résistance : Centre national de référence « résistance aux antibiotiques »

Savoir-faires et expertises :

• Expertise sur l’analyse phénotypique, moléculaire et fonctionnelle de la résistance aux antibiotiques
• Séquençage génomique et métagénomique (short reads et long reads)
• Analyse bio-informatique, biostatistique et génomique pour :
• le dépistage des gènes de résistance (et de virulence)
• l’analyse du support génétique et des éléments mobiles associés
• le typage moléculaire, la comparaison d’isolats bactériens, de plasmides et leur géophylogénie
• l’écologie microbienne (analyse de diversité, réseaux, recherche de marqueurs etc…)

Données et ressources disponibles :

• Recherche clinique, préclinique et sur la biologique de la résistance
• Rapports annuels du CNR de la résistance aux antibiotiques
• Collection de bactéries multirésistantes et de génomes séquencés
• Application web pour l’analyse et le stockage de données NGS et des produits d’analyse
• Action de formation, de sensibilisation et recommandations auprès des professionnels, SPF et HAS
• Base de données :
• de gènes et mutations associées à la résistance
• de génomes pour l’identification génomique de bactéries multirésistantes
• de plasmides de résistance

Site internet : https://www.cnr-resistance-antibiotiques.fr/

Personne associée : Richard Bonnet

RESAPATH : Réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales

Savoir-faires et expertises :

• Résistance aux antibiotiques des bactéries d’origine animale
• Microbiologie (dont analyse génomique), épidémiologie
• Surveillance et évaluation de la surveillance
• Gestion de données (71 laboratoires contributeurs)
• Visualisation des données (Rshiny)
• Organisation d’essais inter-laboratoires d’aptitude
• Une expérience de l’approche One health : santé humaine/animale : ONERBA, collaboration avec les CNR, etc
• Coordinateur du réseau EARS-Vet : European AMR Surveillance network in Veterinary medicine
• Contributeur du JPIAMR-Virtual Research Institute
• Anses : Centre de référence FAO pour la résistance aux antibiotiques

Données et ressources disponibles :

• Données phénotypiques (environ 50 000 antibiogrammes par an)
• Données moléculaires et génomiques (accès à une souchothèque)
• Rapport annuel sur la résistance aux antibiotiques des bactéries d’origine animale

Site internet : https://resapath.anses.fr/

Personnes associées : Jean-Yves Madec, Lucie Collineau

Les Agences de l’eau

Savoir-faires et expertises :

• Des réseaux de surveillance des eaux brutes (souterraines et superficielles)
• Des experts « eau potable/ eau et santé », en lien avec les ARS
• Des conseils scientifiques pour éclairer les décisions
• Des moyens de communication pour toucher essentiellement les collectivités et les acteurs économiques et non-économiques

Données et ressources disponibles :

• Données publiques sur l’eau en France : https://data.eaufrance.fr/
• Colloques, expo, plaquettes, réseaux sociaux

Site internet : https://www.lesagencesdeleau.fr/

Personne associée : Anne Sophie Allonier

OZCAR-RI : Observatoires de la Zone Critique : Application et Recherche

Savoir-faires et expertises :

• Accès à des sites instrumentés et à leurs données sur lesquels nous disposons de chroniques long terme de débits, de niveaux d’eau, de qualités des eaux, d’occupation de sols, de biodiversité.
• Accès à des laboratoires dans le domaine de l’analyse, du traçage de sources et de processus et à l’environnement scientifique qui les accompagnent
• Accès à un cadre européen, l’IR OZCAR est intégrée au projet d’infrastructure européenne eLTER.
• Accès à une communauté internationale CZO (Critical Zone Observatories) de sites instrumentés dans différents pays (US, UK, Chine, Inde…)

Données et ressources disponibles :

• Météorologiques (T, précipitation, vents, rayonnement)
• Hydrologiques (débits, niveau nappes, milieux humides)
• Glaciologiques (neige, glace)
• Teneur en sédiments des fleuves et qualité.
• Biogéochimiques (eaux, nappes) et microbiologiques. Teneur en C, N, P, éléments traces
• Occupation du sol
• Géologie (roches, topographie, fracturation).
• Modèles de fonctionnements de la zone critique (transport et réaction, s. I.)
• Instruments d’exploration géophysique ou géochimique de la zone critique
• Communication, école d’été, newsletter, journées annuelles.

Site internet : https://www.ozcar-ri.org/fr/ozcar-observatoires-de-la-zone-critique-applications-et-recherche/

Personnes associées : Jérôme Gaillardet, Matthieu Fournier

PNDB : Pôle national des données de biodiversité

Savoir-faires et expertises :

• Développement de portail de métadonnées et accès aux données brutes
• Génération de la métadonnée via MetaShark (EML)
• Analyse des données via Galaxy-E
• Expertise scientifique dans l’étude de la biodiversité (analyse mono, pluri, inter et transdisciplinaires; diversité actuelle et passée; diversité des populations, des espèces et communautés, des écosystèmes).

Données et ressources disponibles :

• Fiches de métadonnées et liens vers données brutes
• Outils d’analyse de données reproductibles et transparents.

Site internet : https://www.pndb.fr/

Personnes associées : Yvan Le Bras, Jean Denis Vigne

CRICS-TRIGGERSEP : Clinical Research in Intensive Care and Sepsis – TRIal. Group for Global Evaluation and Research in SEPsis

Savoir-faires et expertises :

• Un réseau de 28 centres (CHU et CHG) de réanimation en France et en Belgique
• Un haut niveau de qualité et d’expérience en recherche clinique
• Des inclusions possibles 24h/24, 7j/7
• Labellisé F-CRIN en 2013, relabellisé en 2018
• Un réseau structuré : Management-Board, Work-Packages
• Recherche translationnelle : association à des laboratoires de recherche pré-clinique

Données et ressources disponibles :

• Données cliniques de qualité valorisées dans les publications (JAMA, Lancet, NEJM…)
• 120 publications période Covid-19
• Suivi des inclusions
• Indicateurs qualité
• 185 investigateurs, 550 lits de réanimation/USC
• Plus de 24 000 admissions annuelles
• Formations BPCs des investigateurs et personnels de recherche
• Retraite Scientifique, Conseil Scientifique

Site internet : https://www.crics-triggersep.org/

Personne associée : Ferhat Meziani

OUTCOME REA

Savoir-faires et expertises :

• Gestion des bases de données de haute qualité
• Conception, méthodologie des essais cliniques
• Expertise médicale infections sévères/antibiothérapie/infections nosocomiales
• Modèles de survie, inférence causale

Données et ressources disponibles :

• 27 000 séjours, 226 000 journées de réa, 24 ans, 38 centres
• Hospitalières : Données centres détaillées annuelles
• Données patients sur le séjour en réanimation, données, hôpital, date des dernières nouvelles (nominatif centre, archivage anonyme restant indirectement nominatif)
• Données journées : > 200 variables journalières, cliniques, biologiques, événements indésirables, infections nosocomiales, GMR, traitement antibiotiques, doses, etc…
• Diaporamas, vidéos de formation

Site internet : https://outcomerea.fr/

Personne associée : Jean François Timsit

RENARCI : Réseau national de recherche clinique en infectiologie

Savoir-faires et expertises :

• Expertise en terme de recherche clinique dans le domaine des maladies infectieuses
• 84 services de maladies infectieuses répartis sur le territoire français en capacité de mettre en œuvre des projets de recherche clinique (versant investigation clinique)
• Soutien à la promotion de projets de recherche clinique à promotion académique et industrielle, nationaux et internationaux
• Veille des Appels à projet nationaux et internationaux / Relecture des dossiers et conseils pour la soumission aux appels à projets
• Communication sur les actualités de la recherche en France
• Conseil scientifique d’experts dans le domaines des maladies infectieuses
• Comité d’éthique en Infectiologie (CER-MIT)
• Veille et conseils juridiques sur les évolutions de loi encadrant la recherche clinique en France

Données et ressources disponibles :

• Base de données sur les essais cliniques / cohortes menées sur la thématique des maladies infectieuses (en particulier études sur antibiotiques et/ou sur la thématique de l’antibiorésistance)
• Base de données des appels à projets concernant le domaine de la recherche clinique en Infectiologie
• Réseau de personnels de recherche formés à la recherche clinique et en collecte de données
• Participation à la formation continue des infectiologues

Site internet : https://www.infectiologie.com/fr/renarci.html

Personnes associées : Louis Bernard, Pierre Tattevin, Vincent Le Moing

RéA RéZo

Savoir-faires et expertises :

• Clinique (réanimateur, hygiéniste) : pratiques de soins (durée de ventilation, site de pose des cathéters…)
• Technique : gestion de données dans le cadre d’un réseau, reporting, épidémiologie et modélisation

Données et ressources disponibles :

• Description de patients de réanimation
• Infections associées à un dispositif invasif
• Description des pratiques des unités de réanimation

Site internet : http://rearezo.chu-lyon.fr/

Personnes associées : Alain Lepape, Arnaud Friggeri

SPILF/Groupe des Référents en Infectiologie d’Ile-de-France

Personnes associées : Sylvain Diamantis, Raphael Lepeule

Collegium des internistes français en médecine vétérinaire

Savoir-faires et expertises :

• Réseau préexistant d’Enseignants-chercheurs internistes (depuis 2003) étendu aux spécialistes vétérinaires de Médecine Interne depuis 2018
• Tous spécialistes en titre (Diplômes nationaux ou européens) ou « de fait »
• Communauté peu nombreuse avec démarches peu ou prou similaires
• Chaque membre exerce en référé pour une grande partie, d’où accès à un maillage territorial plus étendu de vétérinaires référents

Données et ressources disponibles :

• Identification d’affections à BMR et de facteurs de risques
• Cartographie régionale/locale des spectres de sensibilité des bactéries rencontrées en pratique vétérinaire à l’intérieur d’un cercle familial
• Analyse des pratiques d’antibiothérapie en médecine des animaux de compagnie
• Etudes cliniques multicentriques d’optimisation de l’antibiothérapie en médecine vétérinaire
• Suivant possibilités légales, surveillance des humains en contact avec animal porteur de BMR
• Souches d’intérêt potentiellement récupérables

Personne associée : Alain Bousquet Melou

Surv1Health

Savoir-faires et expertises :

• Une vision globale et exhaustive des dispositifs existants en 2021
• Des méthodes pour l’évaluation de la surveillance
• Des méthodes pour l’évalutation de la One-Health-ness de la surveillance
• Des pistes pour améliorer l’intégration du système de surveillance français

Données et ressources disponibles :

• Une cartographie exhaustive des dispositifs de surveillance existants en 2021
• Une caractérisation fine de ces dispositifs (qui surveille quoi et comment)
• Une évaluation semi-quantitative du niveau de collaboration entre dispositifs
• Une description des déterminants à ces collaborations

Personnes associées : Lucie Collineau, Mélanie Colomb Cotinat

CA – SFM : Comité de l’antibiogramme de la société française de microbiologie

Savoir-faires et expertises :

• Comité pluridisciplinaire d’experts réunissant des microbiologistes et des cliniciens infectiologues, représentatifs des laboratoires de biologie médicale, des établissements de soins ainsi que des différents modes d’exercice français (CHRU, CH, structures de ville).
• Compétences en matière d’antibiotiques et d’antibiothérapie, (spécialistes, responsables de Centres Nationaux de Références…).
• L’European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing dont CA SFM fait partie intégrante
• Intervention régulièrement dans des congrès médicaux (RICAI, JNI, congrès SFM…).
• Mise en place de Webinars.
• Mise en place d’enquête de pratique de laboratoire.

Données et ressources disponibles :

• Publication annuelle gratuite des recommandations précisant les exigences techniques et les règles d’interprétation à respecter pour rendre le résultat d’antibiogramme.
• Référentiel QUAMIC d’aide aux tâches d’accréditation normes ISO 15189 et ISO 22870 concernant la détermination de la sensibilité aux antibiotiques.

Site internet : https://www.sfm-microbiologie.org/boutique/comite-de-lantibiograme-de-la-sfm-casfm/

Personne associée : Gérard Lina

R2A2 : Réseau Recherche Antibiotiques Animal

Savoir-faires et expertises :

• Expertises diverses sur usage des antibiotiques en élevage
• Points de vue vétérinaires, organisations agricoles, industriels du médicament vétérinaire, acteurs de l’appui technique agricole, ministère de l’agriculture et acteurs du Plan EcoAntibio…
• Compétences disciplinaires en médecine vétérinaire, sociologie, sciences animales…

Données et ressources disponibles :

• Réseau de 250 personnes intéressées à ces questions

Site internet : https://www6.inrae.fr/r2a2

Personne associée : Christian Ducrot

GRAIE : Groupe de Recherche, Animation technique et Information sur l’Eau

Savoir-faires et expertises :

• Expertise sur le domaine de la gestion de l’eau, de l’assainissement et du lien avec la santé
• Mobilisation des acteurs de l’eau : techniciens et élus des collectivités, partenaires institutionnels (agences de l’eau, OFB, Ministère) prestataires (gestionnaires, bureaux d’études) scientifiques, dans des approches pluridisciplinaires
• Organisation d’événements pour la diffusion scientifique
• Mise en réseau et diffusion des connaissances
• Communication, valorisation

Données et ressources disponibles :

• L’outil base de données sur les micropolluants dans l’eau DOMINEAU
• Les données acquises en 10 ans de recherches sur les micropolluants dans l’eau et leurs impacts
• Kit « pour comprendre et prévenir l’antibiorésistance » : http://www.graie.org/mediates/kit3.html
• Un réseau de 350 adhérents, 5 000 professionnels de l’eau

Site internet : https://asso.graie.org/portail/

Personnes associées : Elodie Brelot, Vivien Lecomte

ANEPF : Association Nationale des Etudiants en Pharmacie de France

Savoir-faires et expertises :

• Un réseau d’étudiants que l’on peut sonder et solliciter
• Une collaboration avec d’autres associations étudiantes sur ce sujet

Données et ressources disponibles :

• Contribution antibiorésistance
• Affiches Hackathon
• MOOC / vidéos sur l’antibiorésistance

Site internet : https://anepf.org/

Réso Infectio PACA Est

Savoir-faires et expertises :

• Connaissance territoriale, expertise > 10 ans
• Groupe Bon Usage des Antibiotiques de la SPILF : participation à l’écriture de la feuille de route 2022 sur l’antibiorésistance (D Boutoille), avec introduction de critères environnementaux
• Réflexion One Health depuis 2 ans

Données et ressources disponibles :

• Données réglementaires au niveau des établissements de santé rentrées dans Consores
• En cours, récolte de données ville issues d’outils nationaux
• Travaux, communications, publications du RéSO et des acteurs
• Outils crées (vidéos) avec les étudiants ANEPF ANEMF en 2020

Site internet : https://www.reso-infectio.fr/

Personne associée : Véronique Mondain

Institut Pasteur

Savoir-faires et expertises :

• Centre d’enseignement
• Enseignement numérique
• Expertise scientifique en antibiorésistance

Données et ressources disponibles :

• MOOCs sur l’antibiorésistance https://www.pasteur.fr/fr/e-learning-mooc
• Formations pratiques

Site internet : https://www.pasteur.fr/fr

Personne associée : Monica Sala

Université de Tours

Savoir-faires et expertises :

• Construction de formations, de cours, mise en œuvre de pédagogies
• Connaissance des institutions et des diplomations en formation initiale ou continue, et Connaissance des métiers, des besoins
• Expertise et activité de recherche sur l’antibiorésistance

Données et ressources disponibles :

• DIU antibiologie et autres traitements anti-infectieux (partenariat avec l’université de Poitiers)
• Master Infectious Diseases and One Health + (Erasmus Plus)
• Master Infectiologie, immunité, vaccinologie et bio-médicaments

Site internet : https://www.univ-tours.fr/

Personnes associées : Stéphanie Germon, Benoit Doublet, Philippe Lanotte

Université de Limoges

Savoir-faires et expertises :

• Construction de formations, de cours, mise en œuvre de pédagogies
• Connaissance des institutions et des diplomations en formation initiale ou continue, et Connaissance des métiers, des besoins
• Capacité à la construction de syllabus dédié intégrant une expertise des domaines de la santé humaine, animal et environnemental (appui de la recherche), les caractéristiques et spécificités des métiers pour répondre aux enjeux globaux et locaux
• Expertise et activité de recherche sur l’antibiorésistance

Données et ressources disponibles :

• Master « Zoonoses et environnement »
• Master « Génomique microbienne et environnement »
• Master « One Health »
• ENSIL-ENSCI qui promeut la formation d’opérateurs en santé environnementale à travers ses unités d’enseignement sur la gestion des risques

Site internet : https://www.unilim.fr/

Personnes associées : Véronique Blanquet, Christophe Dagot