Contexte
L’antibiorésistance concerne les Hommes, les animaux… mais aussi l’environnement. C’est un phénomène qui ne connaît pas de frontières et touche également les écosystèmes. C’est le cas par exemple des eaux, largement contaminées par les antibiotiques, leurs résidus, les bactéries et gènes de résistance en provenance d’une source principale, les stations d’épurations urbaines. Si l’antibiorésistance fait l’objet de plus en plus d’études au sein de la sphère humaine ou animale, c’est moins le cas dans le monde environnemental : mais il ne faut pas oublier que c’est une menace pour l’ensemble du vivant.
C’est pourquoi dans le cadre de ses missions, PROMISE souhaite démontrer la faisabilité d’un système de surveillance de l’antibiorésistance dans l’environnement en France.
Objectifs et chiffres-clés
PROMISE réalise une étude de faisabilité dont l’objectif est de mettre en place des indicateurs et protocoles communs pour quantifier l’antibiorésistance dans l’environnement. Elle repose donc sur la sélection d’indicateurs de surveillance pertinents ainsi que sur la définition de protocoles de mesures standardisés pour ses indicateurs, soit une standardisation des procédures d’échantillonnage et d’analyse pour rendre les données produites interopérables.
AMR-Env, un des groupes de travail de PROMISE, est chargé de cette étude. Il est constitué de 20 unités de recherche dispersées sur la France entière et de 4 réseaux :
- OZCAR : Observatoires de la Zone Critique – Applications et Recherche ;
- GRAIE : Groupe de recherche, animation technique et information sur l’eau ;
- PNDB : Pole national des données de biodiversité
- Les Agences de l’eau.
Aujourd’hui, l’étude de faisabilité fait ressortir un protocole de validation inter-laboratoire entre 5 unités de recherche. En parallèle, des résultats encourageants sont en cours : d’une part, la définition d’une méthode reproductible (peu de déviation d’un laboratoire à l’autre) et d’autre part, une validation de plusieurs indicateurs communs en bonne voie.
Média associé
Illustration initiale des indicateurs préliminaires de surveillance de l’antibiorésistance dans l’environnement retenus
L’étude de faisabilité se porte à termes sur six indicateurs communs retenus : E. coli BLSE (méthode culture) ; ARN16S de E. coli (qPCR, contamination fécale) ; intI (qPCR, indicateur de résistance global) ; aacA4 (qPCR, marqueur de contamination humaine) et aadA/aadB (qPCR, marqueur de contamination animale).
